Etter Sovjetunions tilbaketrekning i 1989 fulgte flere år med interne maktkamper og borgerkrig. Mange av krigsherrene som hadde kjempet mot Sovjetunionen gikk i 1992 sammen i et forbund som fikk navnet ”Nordalliansen”. Nordalliansen tok kontroll over hovedstaden i 1992, men var stadig preget av interne maktkamper.
I kjølvannet av stadig større etniske konflikter mellom ulike militser og store overtramp på sivilbefolkningen, vokste Taliban-bevegelsen frem. I 1996 tok Taliban makten, før USA og NATO med FN- mandat gikk inn i 2001/2002.
Dette bakteppet av stadig vold og uro har formet store deler av afghansk politikk. I 2001 møttes lederne for Nordalliansen, samt andre ledere for andre grupperinger, i Bonn i Tyskland for å kartlegge veien videre i Afghanistan etter Talibans fall. Her ble man enige om en plan for oppbyggingen av et demokratisk Afghanistan, og Hamid Karzai ble valgt til leder av en overgangsregjering.
Valg
I 2004 ble Afghanistans første demokratiske presidentvalg gjennomført. Blant 18 kandidater vant Hamid Karzai med over 55 prosent av stemmene. I årsskiftet 2004 – 2005 ble det avholdt en Loja Jirga (et afghansk storråd) som fastsatte en ny grunnlov. Parlaments – og provinsrådsvalg ble avholdt for første gang på over 30 år i 2005.
20. august 2009 ble det for annen gang avholdt presidentvalg og provinsrådsvalg, denne gangen under afghansk lederskap, med støtte fra det internasjonale samfunnet og FNs valgorgan i Afghanistan. Valgene var i utgangspunktet utsatt, og sikkerhetssituasjonen betraktelig forverret siden 2004. Det ble avdekket omfattende valgjuks som førte til at resultatet ble flere måneder forsinket. Det er presidenten som peker ut forslag til kandidater i regjeringen. Regjeringsmedlemmene må godkjennes av parlamentet.
Det er den uavhengige valgkommisjonen (IEC - Independent Electoral Commission) som har hovedansvaret for gjennomføringen av valg i Afghanistan. FNs valgorgan UNDP ELECT har bistått med finansiell og teknisk støtte under de foregående valgene. Det er også opprettet en klagekommisjon (ECC - Electoral Complaints Commission) som har til oppgave å behandle anklager om valgfusk.
Det skal avholdes nye parlamentsvalg 18. september 2010. Valgsystemet for lovgivende valg er Single non-transferable vote.
Parlamentet i Afghanistan
Afghanistan har en lang tradisjon for å samle representanter for befolkningen i såkalte ”loja jirgas”. I 1930 etablerte Kong Nadir Khan det første afghanske parlament med to kamre: Wolesi Jirga (lovgivende, velges hvert femte år), og Meshrano Jirga (senatet, hvorav to tredjedeler velges gjennom provins – og distriktsvalg, og en tredjedel velges av presidenten). Wolesi Jirga har 249 seter, hvorav 68 er forbeholdt kvinner. Meshrano Jirga har 82 representanter. Yunus Qanooni er parlamentspresident.
Til tross for at svært få av kandidatene til 2005–valget offentliggjorde noen partipolitisk tilknytning, er rundt 25 partier representert i parlamentet. Hezbe–e-Jamiat Islami, Hezb–e-Junbesh-Mili Islami Afghanistan, Hezbe–Afghanistan Naveen og Hezbe–Islami har sannsynligvis størst tilknytning. Partier som oppstod i forkant av Taliban og under Sovjetisk tilstedeværelse er sterkest representert i parlamentet.
Politiske partier
Afghanistan har en relativt kort partipolitisk historie, med startfasen i 1940-årene da Kong Zahir Shahs moderniseringspolitikk førte til dannelsen av en rekke politiske partier. Kun Afghan Millat er igjen av disse partiene. På 1960–tallet vokste kommunistiske og marxistiske partier frem, slik som People’s Democratic Party of Afghanisan (PDPA). Det islamske partiet Jamiat–Islami ble formet på 1970-tallet.
I Sovjetperioden (1979 – 1989) dannet det seg flere islamistiske mujahedin-partier, blant annet Hezb–e-Jamiat Islami og Tanzim–e–Dawat og noe senere Junbesh–e-Milli. Flere av partiene opplevde store interne splittelser. Disse grupperingene var først og fremst formet som militære allianser og hadde lite utviklede klare ideologiske eller politiske mål utenom kamp om makten. I kjølvannet av Taliban ble det opprettet en rekke mindre politiske partier uten klare etniske agendaer.