Det var valg til parlamentet 31. mars 2007, og presidentens nystiftede parti FCBE (Force cauris pour le Bénin émergant) fikk da om lag 35 av 83 mandater, med 25 prosent av stemmene. I løpet av april inngikk Yayi/FCBE en samarbeidsavtale med en rekke mindre partier, noe som gav ham flertall i parlamentet. 17. juni utnevnte presidenten så en ny regjering bestående for det meste av teknokrater. Bare tre av de 26 ministrene har klar partitilknytning. Åtte av de tidligere ministrene ble beholdt, hvorav en, Pascal Koupaki, skiftet fra finans- og økonomiminister til planleggingsminister. Koupaki er rangert som nr 2 i regjeringshierarkiet, etter presidenten, og fungerer som en slags statsminister. En tidligere kollega av presidenten fra BOAD, Lawani Soule Mana, overtok som finansminister. Moussa Okanla, som samtidig ble utnevnt til ny utenriksminister, ble 22. oktober 2008 skiftet ut med Jean-Marie Ehouzou.
Presidentens hovedprioriteter er økonomiske reformer, bekjempelse av korrupsjon, forbedret styresett, et mer uavhengig rettsvesen og desentralisering. Dessuten arbeider Boni Yayi for å styrke forbindelsene til nabolandene, ikke minst Nigeria. Andre målsettinger er å fremme økonomisk vekst, investeringer og industrialisering av landbrukssektoren, foruten å bygge ut landets infrastruktur. Etter vel et år ved makten begynte reformtempoet til president Boni Yayi å saktne betydelig. Alliansen presidenten hadde bygd som gav ham flertall i parlamentet falt sammen i august 2008. Etter dette brukte Yayi i noen tilfeller retten grunnloven gir ham til å fatte vedtak ved dekret. I juni 2009 etablerte han imidlertid en koalisjon som nominelt gir ham flertall i parlamentet, Union pour la majorité présidentielle plurielle. UMPP består av over 80 partier og 150 frivillige organisasjoner, og samholdet er løst.
Men også opposisjonen er splittet. Den består i stor grad av folk som har bakgrunn i det tidligere regimet til president Kérékou. Det største opposisjonspartiet er Rénaissance du Bénin (RB), som ledes av Rosine Soglo. I juli fikk hun utvist sin sønn, kulturminister Ganiou Soglo, fra RB. Dette førte til at mannen, tidligere president, nå borgermester i Cotonou, Nicéphore Soglo, meldte seg ut av partiet. Uenigheten mellom Rosine og resten av familien synes å dreie seg om hvorvidt RB skal være et opposisjonsparti eller samarbeide med Boni Yayi.
Presidentvalget i 2011
13. mars 2011ble det avholdt presidentvalg i Benin og presidenten siden 2006, Thomas Boni Yayi, ble gjenvalgt med 53,1 % av stemmene. Hans antatt sterkeste konkurrent, , Abdoulaye Bio Tchané, president i den vestafrikanske utviklingsbanken, BOAD, fikk bare 6,1%, mens lederen for et av opposisjonspartiene (Democratic Renewal Party or PRD) Adrien Houngbedji fikk 35,6%. I sin innsettelsestale 6. april lovet Boni Yayi at dette skulle bli hans siste presidentperiode (neste valg er i 2016), samt at det skulle bli utnevnt en statsminister. 28. mai utnevnte han en regjering på 26 medlemmer inklusive Pascal Koupaki til statsminister. Utnevnelsene er kritisert for å ha manglende regional balanse. Presidenten fokuserte ellers på bekjempelse av korrupsjon og fremme av menneskerettigheter, særlig kvinners, samt økonomisk vekst.