I tillegg er omlag åtte prosent av befolkningen mellom 15 og 49 år rammet av hiv/aids, og stadig flere smittes.
Landet er svært avhengig av økonomisk bistand fra utlandet. Jordbruket står for omlag halvparten av landets BNP, men mye av jorda er utarmet. Kaffe utgjør 3/4 av all eksport til utlandet, og landets økonomi er derfor svært avhengig av kaffeprisene på verdensmarkedet.
Burundi sliter også med at landskapet er vanskelig framkommelig, at infrastrukturen er dårlig utbygd og at varene må fraktes over lange avstander. Det er langt fra jordbruksområdene til havner langs Tanganyikasjøen. Landets økonomi er i stor grad basert på naturalhusholdning og landbruk som dyrking av kaffe, sukker, bananer, bomull etc.
Landet er i økende grad preget av den store befolkningstettheten og omfattende avskoging. Hver kvinne får fortsatt i gjennomsnitt 7-8 barn, og jordlappen familien disponerer, skal i hver generasjon deles likt mellom sønnene. Når det i tillegg er hjemkommet om lag 500.000 burundiske flyktninger fra Tanzania de siste par årene, blir det enda flere som skal dele.
Knapphet på dyrkbar jord representerer store utfordringer for befolkningen, og er kilde til mange konflikter, endog drap. Landet har de senere år vært preget av tørke, særlig i de nordlige distriktene. Også flom forårsaket av kraftige regnskyll har medført ødelagte avlinger og infrastruktur. Det er de siste årene rapportert fra en rekke kilder om sultrammede, særlig i de nordlige provinsene. Burundi som en økonomisk enhet, er ikke bærekraftig i dag. Landets eksport utgjør 17% av importen. Eksportbasen er meget smal og sårbar, dominert av kaffesektoren.
Mangel på diversitet av eksportvarer gjør Burundi’s økonomi meget sårbar. Økonomisk stabilitet er i stor grad avhengig av interne faktorer som produksjon og kvalitet på kaffe (og noe te), og eksterne faktorer som internasjonale prisbevegelser - begge utsatt for store svingninger. Inflasjonsraten i Burundi er høy og økte til 24, 8 % i 2008 grunnet eksterne faktorer som høye priser på matvarer og olje.
Den økonomiske veksten i 2008 var på 4.5 prosent. Veksten for 2009 har blitt nedjustert til 3, 2 % som følge av den globale finanskrisen. Ujevn fordeling av den lille veksten som er, utgjør en annen utfordring for Burundi. UNDP’s Human Development Report 2008 rangerer landet på 172. plass av 179 land totalt. Burundi skårer svært dårlig på grunnleggende velferdsindikatorer som forventet levealder og BNP per capita. Kampen om ressurser er stor med en befolkningsvekst på 3 % og en ekstrem befolkningstetthet med 311 personer per km². Om lag 38 % lever i absolutt fattigdom, og velferden er ujevnt fordelt med vesentlig høyere fattigdom (opptil 82, 3 %) på landsbygda. Det er håp om at Burundis fremgang i regional integrering vil ha positiv effekt på eksport/import og økonomisk vekst. Men det vil ta tid før medlemsskap i East African Community (EAC) gir konkrete fordeler.
Servicenæringen har opplevd en viss vekst og står nå for omtrent 38 % av BNP. Dette er mye grunnet myndighetenes satsing på offentlig tjenester (helse, utdanning etc.) som utgjør 65 % av servicesektoren, og i mindre grad transport og handel. Det skal bemerkes at på tross av økt offentlig tjenestetilbud, er kvaliteten på dette ofte meget dårlig. Industrisektoren, som står for omtrent 17 % av BNP, har hatt fremgang. Men i følge Sentralbanken i Burundi, ser dette ut til å ha falt kraftig den første halvdel av 2009 grunnet lite økonomisk aktivitet.