Nicaragua ligger i et aktivt jordskjelvsområde med hyppige mindre og større jordskjelv. I 1972 opplevde landet et stort jordskjelv og sentrum av Managua ble totalt ødelagt. Det har imidlertid ikke kommet skjelv på denne størrelsen senere.
Regntiden som strekker seg fra mai til november kan bringe oversvømmelser som kan forårsake at veier blir skylt bort. I tillegg kommer stormer som også medfører store mengder med nedbør og vind. Mer informasjon om jordskjelv og stormer finnes på websiden www.ineter.gob.ni
Nicaragua har noen aktive vulkaner som fra tid til annen har utbrudd. Volcan Concepción på øya Ometepe er blant de som de senere årene har hatt utbrudd, og hvor folk har blitt evakuert. Det anbefales å på forhånd innhente informasjon om hvordan situasjonen er for den vulkanen du skal besøke.
Det finnes sterke understrømmer i havet ved den Atlanterhavs- og Stillehavskysten som medfører at svømming kan være farlig enkelte steder. Lokale myndigheter kan gi opplysninger om dette.